Sur mandat de la Confédération, le FNS encourage la recherche scientifique fondamentale en Suisse grâce à des mesures et des instruments adéquats. L’évaluation par les pairs et le financement des requêtes que lui soumettent les chercheurs constituent sa mission principale. Au cœur des processus, le Secrétariat du FNS coordonne les activités des autres organes de l’institution et apporte son soutien :
Le Secrétariat prépare les bases décisionnelles à l’intention des organes susmentionnés et exécute leurs décisions. Il lui échoit de gérer et de contrôler les aspects financiers de l’ensemble des activités d’encouragement du FNS. Composé de 273 employé-e-s, ce qui représente 222 postes à plein temps (fin 2016), il repose sur cinq piliers : la Direction, les Services centraux, les Services d’état-major, les Services stratégiques et l’encouragement de la recherche.
Le Secrétariat a pour mission centrale de solliciter le concours d’expert-e-s en Suisse et à l’étranger pour évaluer les requêtes qui lui sont soumises. En 2016, les divisions de l’encouragement de la re cherche ont envoyé via la plateforme Web mySNF environ 26’500 sollicitations pour évaluer près de 3'000 requêtes. Au total, 9'600 expertises externes ont été établies.
Le Secrétariat entretient par ailleurs des contacts dans le monde entier avec des instances de politique de recherche et des organisations partenaires au sein desquelles il représente le FNS. Dans le cadre de l’encouragement de la recherche et de la politique de promotion scientifique, il noue des contacts étroits avec des partenaires nationaux (SEFRI, CTI, DDC, swissuniversities, Euresearch, etc.) et internationaux (organisations sœurs, Science Europe, etc.). De plus, le Secrétariat collabore étroitement avec SwissCore, le Bureau suisse d’information et de liaison pour la recherche, l’innovation et la formation sur le plan européen à Bruxelles. Ce bureau est confinancé par le FNS, le SEFRI et la CTI.
En dernier lieu, le Secrétariat assure une communication efficace avec le public. Il publie notamment le magazine de la recherche Horizons, diffuse des communiqués de presse et des publications telles que le rapport annuel Profil, et organise des conférences de presse.